Alves foi encontrado agonizando, com cortes no pescoço, em uma cela da Polícia Federal
O Ministério Público Federal instaurou Procedimento Investigatório Criminal para apurar a morte de João Mendonça Alves na custódia da Polícia Federal e estabeleceu prazo de dez dias para receber uma lista de informações e documentos detalhados da carceragem durante a permanência de Alves no prédio. Entre as solicitações do MPF ao superintendente da PF estão as cópias das imagens de vídeo da custódia, a lista com o nome de advogados e visitas de todos os presos no período, o registro eletrônico das portas de acesso das celas e a escala de presos discriminando as celas que ocuparam.
Alves foi encontrado agonizando com cortes no pescoço em uma cela da PF, um dia após ser preso em flagrante com dois surinameses, com mais de uma tonelada de cocaína. Inicialmente a PF anunciou que uma faca plástica que estava perto do corpo na cela teria sido usada pelo preso para se suicidar. No dia seguinte afirmou que uma lâmina de barbear foi encontrada na cela e que o instrumento teria sido utilizado por Alves para se ferir. A família do traficante, porém, não aceita a tese do suicídio.
A tonelada da droga foi encontrada com os surinameses em um galpão em Itatiba, a 80 quilômetros de São Paulo. Alves, de 38 anos e sem antecedentes, foi preso em Itaquera, na zona leste. Em dois meses de campana os federais produziram diversas imagens de vídeo e fotografias de Alves em Itatiba. Os policiais também encontraram a chave do galpão no carro de João Alves e os surinameses afirmaram que era ele o responsável pela conferência e lacração dos carregamentos de cocaína enviados para a Europa.
